Els aqüífers del Besòs tenen altres problemàtiques a la de la sobreexplotació. Les aigües subterrànies tenen contaminants químics procedents d'activitats desenvolupades en el passat. Hi ha mesures programades en el proper Pla de Gestió per identificar contaminacions puntuals en aigües subterrànies (C8.003), així com per recuperar les aigües subterrànies del Besòs per destinar-les, amb els tractaments adequats, a la producció d'aigua potable.