La participació de l'ACA en els centres de recerca queda recollida en el Programa de mesures, en tant que per al desenvolupament de la recerca i innovació en la gestió de l’aigua i la preservació i millora del medi aquàtic, el Programa estableix una dotació pressupostària de 3,5 milions d’euros per cobrir un procés de selecció d’ofertes i finançament de determinats projectes per línies concretes de recerca i necessitats de coneixement identificades en la gestió de l’aigua, tant en l’àmbit gestió tecnològica de l’aigua, com en la preservació i millora del medi aquàtic.