Pel que fa a les actuacions estructurals de protecció, l’Agència Catalana de l’Aigua prioritza les seves actuacions en aquells àmbits que acumulen un major risc d’inundació i que han estat prèviament identificats com a trams amb risc significatiu d’inundació (TRI) en la fase de l’avaluació preliminar del risc d’inundació (APRI). L’APRI constitueix la primera fase de la planificació de l’avaluació i gestió del risc d’inundació i s’elabora en compliment a la Directiva 2007/60/CE d’Inundacions (DI), i de la seva transposició a l’ordenament jurídic espanyol (Reial Decret 903/2010, de 9 de juliol). No obstant, l’ACA també contribueix al finançament d’actuacions estructurals a d’altres àmbits del territori (no necessàriament identificats com a TRI), mitjançant línies de subvencions en règim de concurrència competitiva, adreçades als ens o agrupacions d’ens locals.
En el cas de les actuacions de manteniment i conservació de lleres, l’ACA actua tant en cursos fluvials principals com en tributaris. En trams de lleres no urbanes, l’ACA executa les actuacions de manteniment i conservació mitjançant l’aprovació de programes específics. Pel que fa a trams de lleres urbanes (on la competència és municipal, d’acord amb l’article 28.4 del Pla Hidrològic Nacional, sens perjudici de l’autorització de l’Agència), les actuacions s’articulen mitjançant línies de subvencions en règim de concurrència competitiva, adreçades als ens o agrupacions d’ens locals.