La delimitació de les masses d’aigua es va fer d’acord amb la Directiva Marc de l’Aigua (sistema A de classificació), partint de conques drenants de més de 10 km2 i estanys de més de 0,5 km2 de superfície. Aquests criteris van ser lleugerament matisats o modificats per englobar punts de referència situats aigües amunt (i, per tant, en conques més petites), o estanys i zones humides a partir de 0,8 ha de superfície, o més petites però en condicions properes a la referència. Cal tenir en compte, com ja apuntava la Guia europea d’identificació de masses d’aigua (Guidance Document No 2, Identification of Water Bodies), que tot i que calia arribar a un compromís entre la mida de les masses d’aigua i el seu nombre total, a fi que fos gestionable, la DMA estableix un marc de protecció per a totes les aigües, encara que no hagin quedat delimitades com a massa. En aquest sentit, es reconeix el valor dels barrancs i llacunes esmentades, i també estan protegides per la Llei d'aigues i s'hi poden aplicar mesures.